1、體制問題
當前，校長任用制度尚不完善，合理的評估體系尚未建立，校長的辦學自主權受到了很大的限制。校長的任免權在上級而不在群眾，當校長任命制被扭曲時，甚至會出現“說你行，不行也行，說你不行，行也不行”的怪現象。所以，在“官本位”的體制下，要想發展，就得投上級所好，讓領導滿意，這幾乎是一條鐵律！
2、經費問題
缺少辦學經費是一些普通中學和農村中學的校長倍感頭疼的問題。一些學校在政府沒有大量資金投入的情況下，依靠社會力量，新建、改建和擴建學校，滿足廣大群眾子女上學的教育需求，應該說對教育的發展做出了積極的貢獻。但是，這些債務的償還卻成了問題。
許多經濟欠發達地區生均公用經費根本滿足不了學?；具\行的日常開支，按照上級有關政策規定，學校的基礎設施建設和學校的教學設備購置，都是由政府全額預算的，可實際上政府除了教師工資和生均公用經費之外，是很少給學校撥款的，資金短缺讓校長們捉襟見肘，舉步維艱。
3、用人問題
現在許多地方，學校需要補充教師得向教育局打報告，教育局招聘結束將其分派到學校。這樣的教師招聘制度，把招聘和使用分開，表上看起來公平公正，但實際上弊端很大。因為招聘者和使用者之間認識的差距，招來的教師不一定是學校最需要的。因為學校用人著眼的是實際工作能力，特別看重綜合素質，常常通過深入的交談和工作實踐對招聘對象作深入地了解；而負責招聘的人事部門則著眼于形式上的公平公正，著眼于便于操作，常常采用書面考試和試講來決定是否聘用。我們曾聽到一位中學校長發感慨：“這樣的教師招聘制度，讓我們選聘班主任越來越困難了。”
想要的人進不來，不想要的人也出不去呀！現在的教師只要已通過人事部門的招聘，便上了政府的財政編制，工資由財政局直接打到人家工資卡上，即使這些教師工作能力很差，事業心根本沒有，你也不能辭退他。因為你把他辭退了，就沒人頂他的崗位。如果你想在社會上招聘工作能力比他強的人來代替，那只能作為代課教師，學校得自己解決教師的工資，根本造不上財政編制。
4、評價問題
客觀公正的評價學校，一直是普通中學校長們的一種期盼。時至今日，我們的教育評價依然是模糊的，中、高考上線人數仍然是決定學校榮辱的一把尺子，沒有人考核一個學校的教育投入和產出，沒人考核教師為學生的成長和進步付出的心血。當然這些方面因素比較復雜，考核難度較大，可操作性相對較差，用考試成績和中、高考上線人數考核學校相對比較容易。但就各學校中、高考成績的考核評價也是很模糊的，各學校的生源基礎，考生人數也往往被忽略，于是中、高考上線人數、考上清華北大學生的多少，就成了人們判斷學校辦學成績的唯一標準。盡管許多人呼喚用“增值評價”來考核學校的教育教學成績，然而至今未能實現。
5、師資問題
與重點中學相比，普通中學、農村中學的教師數量不足，質量難以保證，難以滿足辦學發展的需要。教師隊伍素質仍然整體偏低，與推進素質教育、進行新課改的要求差距較大。
教師的綜合素質較差，難以適應新課標的要求。部分教師教育觀念陳舊，知識老化，方法落后，難以適應教育改革發展的需要。學教師科研意識談?。蝗狈逃碚摵头椒ǎ辉谠S多時候教育科研與教師日常工作之間相互矛盾；信息閉塞，教育科研課題參與率相對偏低。
教師結構不合理，難以提高教師的整體效能。教師隊伍不穩定，流失嚴重。
6、生源問題
近年來，農村中小學生源萎縮問題日益凸現，不少學校都出現了人走“樓”空、班額減少的嚴峻情況，一些學校甚至不得不在舉步維艱的窘境中逐步走向撤并。如果說學生數量的減少是給農村中小學校的發展帶來了巨大壓力的話，而生源素質的不斷下降，則著實給農村辦學帶來了致命的沖擊和嚴峻的挑戰。
一些地區的農村中學因為生源緊張、教育質量、學校規模等原因被撤并或停辦，而與此同時，隨著擇校問題的愈演愈烈，重點中學擠破了頭，普通中學招不到生的兩極分化的現象越來越嚴重。普通中學校長愁生源不足，而重點中學校長愁生源過剩。
7、安全問題
安全事故不論是發生在正常教學時間還是節假日，不論發生在校內還是校外，不論有無責任、有無過錯。只要是學生，一旦發生安全事故，不分青紅皂白，學校都要承擔責任。校長成了孤家寡人，百口莫辯，作解釋賠笑臉，應付這個應付那個，搞得筋疲力盡，心憔力瘁。家長們這樣理解，孩子送到學校交了保險，學校當然要負安全責任。
地方政府教育主管部門息事寧人，不能理直氣壯地為學校撐腰說公道話，學校成了晚清政府賠錢、賠理。學校沒做虧心事，校長卻怕人叫門。誰能保證你游泳不失水？誰知道成群結隊滿街跑的哪條狗是瘋的呢？
安全問題帶來了極大的負面效應，教師不敢管學生，連起碼的懲戒措施都不能用。結果學生在教師面前神氣活現，學生成了“主人”，老師倒成了“奴才”。
2013年7月2日，廣西桂林市永?？h高三學生周某多年前與初中班主任產生矛盾，便懷恨在心，伺機報復。周某潛入學校殘忍地將已經當校長的前班主任殺害。
2013年9月14日，江西省撫州市臨川二中一位高三班主任在辦公室備課時，被其學生割頸殺害。據相關部門通報，學生雷某是因不滿老師的嚴格管理而動殺念。
8、教學質量問題
教學質量是學校生存之本,是學校的生命線。因此,對于一個學校而言，要想立足于教育之林就必須努力提高教學質量。
但是，一些普通中學和農村中學由于管理、師資、生源等多方面的原因，導致課堂教學效率不高，教學方式落后，中、高考上線率較低，城鄉差距大，重點中學與普通中學差距更大，教育發展不均衡，學校與學校之間無法形成良性競爭，無法實現教育公平。
9、人際關系問題
校長的位置十分敏感，來自上、下、左、右、前、后的微妙復雜的人際關系難以協調，給你一個“條子生”，你解決了要違規，不解決要挨剋，照顧了這一個，得罪了那一個，左右為難。此外，還有“理解性的煩惱”。許多校長抱怨，自己為學校的發展做出實實在在的貢獻，不僅未能獲得上級、社會、師生與家長“善意的理解”，反而被曲解與指責，甚至被投訴，一些“昏官”也就不問青紅皂白地怪罪下來。
10、日常工作問題
正直的校長，一定知道什么是“值得做的教育”，然而，教育的理想未必會被認同，理想的教育未必得以實施。由于上級、社會、師生與校長對辦學價值的理解差異很大，這就轉化為壓力作用于校長，使校長“想做的做不來，不想做的也得做”，于是就出現了“真教書，假育人”的現象，也就是常說的“扎扎實實抓應試教育，轟轟烈烈喊素質教育”。
盡管校長職位具有很強專業性，可現狀是：很忙的校長其實很難把主要精力放在本“專業”——對教育教學的領導與管理上，而是投放到了準備檢查評比的材料，參加各級各類會議、接待四方來訪、進行各種公關活動之上。此外，專業性問題還來自課程改革。新課程改革必定伴隨著辦學定位、課程建設、制度更新、方法跟進的諸多問題，需要校長積極面對加以解決，也對校長的重新學習提出很高的要求。
另外，校長兼多重角色于一身，處于高度的“角色緊張”狀態。校長除了大量的日常事務外，還要值班、寫報告、做總結、開大會等等。如果沒有過人的精力與體力，就難免出現身體、心理上的透支現象，從而出現“惡性循環”，帶來一系列的問題。事業心強的校長多數處于“亞健康狀態”，全國不少名校長早衰早亡的事件，就是一個明證。
換個角度講，校長的問題源可以歸結為如下的矛盾沖突。
1.理想與現實的矛盾
第一，就行政關系上看，現在社會呼喚要培養有理想、有理論、有實踐的、有能力的“教育家型”的校長，可是，你越有主見，越有個性，越想追求教育的“應然”，就似乎越遠離“實然”，你的工作很可能就越做不到領導的心坎上，結局是可想而知的。理論上講，一天到晚忙于應酬的校長肯定走不遠的，可事實上，一天到晚忙于校務的校長反而是長不了的。
第二，就操作層面上看，質量是學校的生命線，可什么是質量？升學率屬于“當前質量”，很難體現“長遠質量”，所以并不涵蓋質量的全部。可是升學率事關學生的命運和學校的前途，在升學壓力下，師生疲于奔命，校長窮于應付。“存在的就是合理的”，因為升學與前途有高相關性。校長心中都明白，“死拼”抓升學率是不可持續的，但又不得不死拼，而這死拼又是沒有盡頭的，熬過了一年又是新的一年。更何況即使學生100%上了大學，人家要跟你比“本一”上線率，你的“本一”上線率上去了，人家跟你比“名牌”上線率，“名牌”上線率上去了，人家跟你比“清華北大”上線率。于是，往往是校長工作越努力，離教育理想越遙遠。
2.理論與實踐的矛盾
人本主義、建構主義、認知主義和行為主義等教育理論都在一定程度上揭示了教育的本質；新課程構建了重基礎、多樣化、有層次、綜合性的課程體系，強調了時代性、基礎性、選擇性，為學生的終身發展奠定基礎指明了方向；現代的管理理論也提出了人本化、扁平化、信息化、精細化、品牌化、制度化和特色化等理念，對于學校管理有很好的指導價值。然而，一回到現實上來，就會發現老辦法更管用，理論變得蒼白無力，有許多理念也缺乏可操作性，實施起來就要冒失敗的風險和內外的壓力。校長只好“實事求是”，淡化或放棄理論指導。然而，沒有先進理論指導的教育實踐是盲目的、短視的、走不遠的實踐。于是，校長就要忍受著“穿新鞋，走老路”的精神痛苦。
3.權力與責任的矛盾
眾所周知，責、權、利相匹配是管理的基本原理，校長的權力與責任本該是對等的，可是實際上校長的人權、事權、財權等并不充分，而校長的責任卻是無限的。就學校內部而言，“吃喝拉撒睡，桌椅板凳柜，生老病死退，工青團婦隊”，樣樣都得管；就學校外部而言，公安、檢察、計生、物價、審計、工商部門，甚至居委會大媽都可以對校長指手畫腳。因為校長是“第一責任人”。就上下關系而言，本來應該是上級的責任，卻變成了校長的義務；本來是校長的權力，卻變成了上級的恩惠，例如，辦學資源，我高興就給你就給，不高興給就不給；想要的人進不來，不想要的人出不去；想提拔的干部提不起來，不想提拔的人卻提了上來。這種責、權、利嚴重不匹配的運行體制，使許多校長戰戰兢兢、如履薄冰，唯馬首是瞻。安全問題是高懸于校長脖子上的利劍，不少校長只好以“保穩定，保平安”為由，停止了諸如踏青春游、社會實踐、上游泳課、跳鞍馬等體驗性、技能性的正常的教育活動。更有甚者，有的學校干脆停止了跑步訓練，取消了運動會。
4.內部與外部的矛盾
校長是學校教學的領導者和決策者，必須對學校的全面工作負總責，才能達到人們心目中“最滿意的學校”“最受歡迎的學校”。然而，政策問題、經費問題、體制問題，都直接或間接地制約著學校的發展。為了爭取辦學經費、招生政策等辦學資源，創造良好的外部環境，避免有關政府部門“找麻煩”，校長要四處“燒香拜佛”，面臨著無窮盡的應酬。這就很容易使校長工作重心，從內部轉向外部，把大量的時間精力投入到謀求領導的關心，爭取社會的理解和部門的支持。否則，即使你在提高教師的福利待遇、滿足學生合理要求、實行內部機制改革、改善學校的設備設施等方面做得再好，也將朝不保夕，舉步維艱。因為，學校是資源依賴型單位。
5.教育與管理的矛盾
首先，校長應該是教育者（領導者）。要對干部、教師與學生開展教育，其核心工作是引領和指導學校的教育教學，提高教師的專業水平，堅持先進的辦學理念，領導學校的課程建設，提升學校的辦學質量。其次，校長又是管理者。作為學校的法人代表，要負責學校的管理與經營，校長角色往往表現為學?！翱偨浝怼保灰敫墒?，就會生出千頭萬緒的工作任務，而為了完成任務，就要樹立校長自身在學校管理中的權威地位。是專注于學校的教育實效研究，還是掩埋在學校的常規管理事務中？這常使校長處于兩難的境地。現實中，校長往往是重管理輕教育，甚至，有的校長一年給師生講話還不到三次。很難做到讓管理為教育服務，為師生服務。
6.事業與家庭的矛盾
校長不僅要做好學校事務，還要參觀學習，要進修提高，要研究撰文，要聯絡應酬，要關心下屬，要協調關系等等，因此，有事業心的校長很難顧及家庭。而家里的妻兒老小，都是有脾氣的獨立個體，七姑八姨也都不是省油的燈，他們都有自己的合理訴求，校長也怠慢不得，否則就會出現“前院受氣，后院起火”的情況，導致“內憂外患”的惡性循環。更何況，子女教育、住房裝修等現實問題是不能不解決的。這樣事業與家庭時時面臨著抉擇。
