正如所有改革都要處理好新與舊、繼承與創新的關系一樣，新課程也要處理好與舊課程的關系，我們在“指導——自主學習”中特別注重處理好以下幾對關系。
 
個體獨立學習與小組合作學習的關系
學生個體獨立學習和小組合作學習是自主學習的兩種基本形態。自主學習可以是個體獨立進行的，也可以是小組合作進行的。從學習的職能來說，個體學習解決基礎的問題，合作學習解決提高的問題。對合作學習的認知功能一定要有一個明確的定位，合作學習旨在解決個體無法解決的疑難，通過小組討論，互相啟發，達到優勢互補，共同解疑，個體通過獨立學習能解決的問題就不必在小組里討論。
離開學生個體的獨立學習和深入思考，相互間的交流和討論就不可能有深度，不可能有真正的互動和啟示，對小組內的不同見解觀點也根本無法提出真正意義上的贊同或反對，也無法做到吸取有效的成分并修正、充實自我觀點。在實踐中，課堂的確存在學生因急于展示和互動而忽略了個人對文本的獨立的、深度的解讀的現象，任何課堂都需要學生個體獨立的、靜悄悄的閱讀和思考，這種閱讀和思考越充分、越有深度，小組的交流和互動才會越有質量，越有效果。
 
學生自主學習與教師指導教學的關系
從總體上講，學生通過自主學習一般只能解決現有發展區的問題和書本的淺層問題，而最近發展區的問題和書本的深層問題卻有賴教師的指導。指導教學要求教師的教要在學生的發展上下功夫，要在文本的理解深度上下功夫，要在學生的思維創造性上下功夫，要在教學和知識的生成性上下功夫。
提高性教學是一種充滿智慧的教學，它會使學生在理解、掌握知識的同時，開放知識、質疑知識、批判知識、探究知識、反思知識、創新知識，從而獲得智慧的力量。提高性教學是實現從知識性課堂轉向智慧性課堂的關鍵，當然，這種基于學生自主學習的課堂模式不僅對教師的教學提出了質的規定性，而且對教師的專業素養也提出了新的要求。教師應努力達到“揚棄”教材、“超越”教材的境界，做到能給學生的遠比教材多得多。
另一方面要求教師成為真正的心理學家，對學生的心理了如指掌，能夠真正做到想學生所想，想學生所疑，想學生所難，想學生所錯，想學生所忘，想學生所樂，從而以高度嫻熟的教育智慧和機智，靈活自如地帶領學生在知識的海洋中遨游，用自己的思路引導學生的思路，用自己的知識豐富學生的知識，用自己的智慧啟迪學生的智慧，用自己的情感激發學生的情感，用自己的意志調節學生的意志，用自己的個性影響學生的個性，用自己的心靈呼應學生的心靈，用自己的靈魂鑄造學生的靈魂，用自己的人格塑造學生的人格，實現真正的以人教人。
 
探究學習與接受學習的關系
自主學習中的閱讀行為更多表現為接受學習，這種學習的特點是知識以結論的形式直接呈現，它的表現形式依學生自主性的強弱可分為講授法、讀書指導法和自學法。相對而言，講授法是一種他主學習，讀書指導法特別是自學法則是自主學習。
自主學習的思考行為更多表現為探究學習，這種學習的特點是知識以問題的形式間接呈現，它的表現形式依學生自主性的強弱可分為發現法——獨立探究法——研究法。在發現法中，將問題、方法告訴學生但不告訴結論;在獨立探究法中，將問題告訴學生但不告訴方法和結論;在研究法中，問題、方法和結論都不告訴學生，讓他們自行提出問題，自行尋求解決問題的方法或設計實驗，最后找到問題的答案，得到結論。顯然從發現法到研究法也是一個教師主導作用不斷減弱，學生主體地位不斷增強的過程。相對而言，獨立探究法和研究法更能體現自主學習的性質和特點。
接受性學習的特點是以系統掌握學科知識為基本任務，比較關注認識的結果，以知識為中心，注重學生認識活動的指導性、可控性、預設性。因此，接受式學習在知識積累方面的高效性受到普遍贊同。探究性學習的基本特點是以發展學習者的探究能力為主要任務，比較關注認識的過程，以問題為中心，強調學生認識的非指導性、開放性、生成性。探究性學習對培養學生探究精神和創新能力意義重大。
從課堂教學實踐來看，接受學習和探究學習各有自己的優勢和不足，重要的是要把兩者有機地進行整合。根據我們的經驗，這種整合可分為外在的整合和內在整合。外在的整合，即根據教學內容的特點和教學任務，該接受的接受，該探究的探究;內在的整合是根據兩種學習的內在優缺點，相互滲透，取長補短，在接受學習中貫穿探究學習的精神，使學生的接受學習成為積極主動地思考和獲得知識與方法的活動;在探究學習中采用接受學習的形式，使學生的探究學習成為快速有效地解決問題、發現知識與方法的過程。
 
教科書與課程資源的關系
教科書對學生的學習和教學質量的提高具有基礎性和工具性的作用。傳統的講授教學忽視了學生自身對教科書的閱讀和研習，從而既導致教科書重要功能的喪失，又導致學生閱讀能力、自學能力的喪失。“指導——自主學習”模式把教學的中心放在“學”上，放在學生對教科書的閱讀和思考上，這的確抓住了教學的根本，對減輕負擔、提高質量具有重要作用。
教材作為知識的載體具有毋庸置疑的權威性，課堂教學就是要解決教材與學生的矛盾。在新課程背景下，教學不能局限于教科書，而應以課程資源為教學對象。教材無疑是重要的、最基本的課程資源,但課程資源絕不僅僅是教材,也絕不僅僅限于學校內部。對學生來說,有了課程資源的概念以后,學生學習的內容變得豐富多彩了。對教師來說,教學過程也不再是一個照本宣科的過程,而是變成了不光是使用教材,同時也是開發和利用課程資源的過程。
要鼓勵教師根據學校、班級、學生的實際情況和學科的性質、任務，對教材進行有意義的補充、延伸、拓展、重組，并注重教材與社會生活和學生經驗的聯系和融合，同時鼓勵學生對教材的質疑和個性化解讀。教學要基于教科書，又要超越教科書，教學的目的并非只要學生記住、理解、掌握教材內容，更重要的是讓學生透過教材去把握滲透在其中的科學方法和認識態度，并在這個過程中發展學生的閱讀能力、思維能力和創新能力以及個性品質和道德品質。
 
課堂預設與生成的關系
教師指導體現了教學的預設性，而學生自主學習則體現了教學的生成性。預設與生成是辯證的對立統一體，課堂教學既需要預設，也需要生成，預設與生成是課堂教學的兩翼，缺一不可。預設體現對教師的尊重，生成體現對學生的尊重;預設體現教學的計劃性和封閉性，生成體現教學的動態性和開放性，兩者具有互補性。教學既要重視知識學習的邏輯和效率，又要注重生命體驗的過程和質量。為此，要認真處理預設與生成的關系，使兩者相輔相成、相互促進。
預設與生成有統一的一面，也有對立的一面，預設重視和追求的是顯性的、結果性的、共性的、可預知的目標，生成重視和追求的是隱性的、過程性的、個性的、不可預知的目標。預設過度必然導致對生成的忽視，擠占生成的時間和空間;生成過多也必然影響預設目標的實現以及教學計劃的落實。無論是預設還是生成，都要服從于有效的教學、正確的價值導向和學生的健康發展。相對于學生的發展，預設與生成都只是手段和措施，我們一定要從提高教學質量、立足學生可持續發展的高度，用長遠的、動態的觀點來認識和處理兩者的關系。